畜产品加工工程技术研究中心依托单位为内蒙古农业大学，隶属自治区科技厅和内蒙古农业大学，下设乳制品研究室、肉制品研究室、微生物和生物技术研究室、设备机械与包装研究室和工程设计研究室共5个研究室；一个乳制品中间试验车间；一个肉制品实验基地和一个办公室。
畜产品加工工程技术研究中心以乳制品工程和肉制品工程为主，以副产品综合利用工程为辅，其主要任务是加强现代乳肉等畜产品加工技术的研究开发，特别是畜产品原料的有效转化和增值途径以及传统食品和新型食品的开发技术，引进国内外90年代以来先进的加工技术成果，在传统的内蒙古畜产品加工业与日新月异的国际高新技术之间搭起一座相互沟通的桥梁；为全区战略性结构调整的实施提供在实践中行之有效的理论指导和技术成果；为加速自治区产业结构调整，人们健康饮食习惯的形成、地区经济发展做出应有的贡献；同时为自治区培养驾驭21世纪现代加工技术的高级人才提供实验场所。
