国家级科研平台
中国-蒙古生物高分子应用“一带一路”联合实验室 内蒙古大兴安岭森林生态系统国家野外科学观测研究站 旱区水工程生态环境全国重点实验室(与西安理工大学、新疆水利发展投资(集团)有限公司合建) 国家乳业技术创新中心：奶牛繁育与养殖技术研究中心
部委级科研平台
乳品生物技术与工程教育部重点实验室 草地资源教育部重点实验室 乳品生物技术教育部工程研究中心 乳酸菌与发酵乳制品省部共建协同创新中心 国家引才引智示范基地：内蒙古农业大学 草地家畜系统可持续管理学科创新引智基地 内蒙古农业大学国际科技合作基地 乳酸菌筛选与乳品发酵技术国家地方联合工程实验室 荒漠生态系统保护与修复国家林草局重点实验室 内蒙古赛罕乌拉森林生态系统国家定位观测研究站 内蒙古乌梁素海湿地生态系统国家定位观测研究站 内蒙古杭锦荒漠生态系统国家定位观测研究站 国家林业草原北方抗旱耐寒草品种繁育工程技术研究中心 国家林业草原沙生灌木高效开发利用工程技术研究中心 内蒙古乌梁素海湿地生态系统国家长期科研基地 沙地生物资源保护和培育国家林草局重点实验室（非牵头） 国家林业草原防沙治沙工程技术研究中心（非牵头） 文冠果工程技术研究中心（非牵头） 大兴安岭根河森林冻土湿地国家长期科研基地（非牵头） 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室 农业农村部肉羊遗传育种重点实验室 农业农村部饲草栽培、加工与高效利用重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室 农业农村部北方寒旱区作物高产高效栽培与耕作重点实验室（部省共建） 农业农村部马属动物种业创新重点实验室（部省共建） 农业农村部马属动物遗传育种与繁殖科学观测实验站 农业农村部东北区域农业微生物资源利用科学观测实验站 农业农村部华北黄土高原地区作物栽培科学观测实验站 农业农村部奶牛养殖工程和装备全程机械化科研基地 农业农村部发酵乳制品加工技术集成科研基地 农业农村部生鲜牛羊肉加工技术集成科研基地 国家现代农业科技示范展示基地（土默特右旗）
自治区级科研平台
内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室 内蒙古自治区马属动物科学研究与技术创新重点实验室 内蒙古自治区水资源保护与利用重点实验室 内蒙古自治区作物栽培与遗传改良重点实验室 内蒙古自治区风沙物理与防沙治沙工程重点实验室 内蒙古自治区草食家畜兽医基础与疫病防控重点实验室 内蒙古自治区生物制造重点实验室 内蒙古自治区羊遗传育种与繁殖重点实验室 内蒙古自治区沙生灌木资源纤维化和能源化开发利用重点实验室 内蒙古自治区旱寒区植物逆境适应与遗传修饰改良重点实验室 内蒙古自治区土壤质量与养分资源重点实验室 内蒙古自治区草地管理与利用重点实验室 内蒙古自治区农牧业大数据研究与应用重点实验室 动物营养与饲料科学自治区高等学校重点实验室 智慧畜牧自治区高等学校重点实验室 生物农药创制与资源利用自治区高等学校重点实验室 内蒙古自治区乳酸菌与乳品发酵剂工程实验室 作物智慧水肥管控技术与装备内蒙古自治区产业技术工程化中心 农畜产品高值化利用内蒙古自治区产业技术工程化中心 内蒙古自治区家畜新型种质材料创制工程实验室 内蒙古自治区蒙古马遗传资源保护及马产业工程实验室 内蒙古自治区燕麦工程实验室 水资源高效利用与河湖湿地修复技术内蒙古自治区工程研究中心 高效节水技术装备与水土环境效应内蒙古自治区工程研究中心 现代马业内蒙古自治区工程研究中心 农业基因组大数据内蒙古自治区工程研究中心 畜产副产物综合利用内蒙古自治区工程研究中心 道路绿色建养与大宗固废循环利用内蒙古自治区工程研究中心 牛羊肉品质鉴别与安全加工内蒙古自治区工程研究中心 牧草饲料生产全程智能化装备内蒙古自治区工程研究中心 玉米秸秆原位还田微生物内蒙古自治区工程研究中心 科尔沁沙地(草原)生态水文内蒙古自治区野外科学观测研究站 赛罕乌拉森林生态学内蒙古自治区野外科学观测研究站 正镶白旗典型草原生态系统内蒙古自治区野外科学观测研究站 河套灌区农业水土环境与盐碱地综合利用内蒙古自治区野外科学观测研究站 阿拉善左旗荒漠生态与鼠害监测防控内蒙古自治区野外科学观测研究站 岱海湿地水文与生态环境内蒙古自治区野外科学观测研究站 达里诺尔湖生态环境内蒙古自治区野外科学观测研究站 呼伦湖湿地生态环境内蒙古自治区野外科学观测研究站 乌梁素海湿地生态环境内蒙古自治区野外科学观测研究站 锡林郭勒草原内陆河流域生态水文内蒙古自治区野外科学观测研究站 察汗淖尔湿地生态环境内蒙古自治区野外科学观测研究站 东乌珠穆沁旗典型草原有害生物防控内蒙古自治区野外科学观测研究站 高校蒙古族工艺美术研究所 内蒙古农牧林业经济研究中心 社会主义意识形态研究基地 内蒙古农村牧区发展研究所 内蒙古乡村振兴战略研究中心 农牧业风险管理研究基地 内蒙古农业大学内蒙古乡村振兴智库 内蒙古牧区治理现代化研究中心 内蒙古农业大学铸牢中华民族共同体意识研究基地 马文化与马产业研究中心 内蒙古特色果酒系列产品产学研科技创新平台